กระทั่งการประชุมพรรคครั้งที่หกในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1980 การควบคุมปฏิบัติการของพรรคของคิม จ็อง-อิลได้เสร็จสิ้นสมบูรณ์ เขาได้รับตำแหน่งอาวุโสในโพลิตบูโร คณะกรรมาธิการทหารและเลขาธิการพรรค เมื่อเขาได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกสภาประชาชนสูงสุดที่เจ็ดในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1982 ผู้สังเกตการณ์ต่างประเทศเชื่อว่าเขาเป็นทายาทการเมืองของเกาหลีเหนือ

ถึงขณะนี้ คิมได้รับคำนำหน้า "ผู้นำอันเป็นที่รัก" (친애하는 지도자)[23] รัฐบาลเริ่มสร้างลัทธิบูชาบุคคลรอบตัวเขาซึ่งลอกแบบมาจากบิดา "ผู้นำอันยิ่งใหญ่" คิม จ็อง-อิลได้รับการสรรเสริญจากสื่อเป็นประจำว่าเป็น "ผู้นำไร้ความกลัว" และ "ผู้สืบทอดผู้ยิ่งใหญ่ต่ออุดมการณ์ปฏิวัติ" เขาถือกำเนิดขึ้นเป็นบุคคลทรงอำนาจที่สุดรองจากบิดาเขาในเกาหลีเหนือ

วันที่ 24 ธันวาคม ค.ศ. 1991 คิมได้รับแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุดของกองทัพเกาหลีเหนือ เนื่องจากกองทัพเป็นรากฐานอำนาจที่แท้จริงในเกาหลีเหนือ นี่จึงเป็นก้าวสำคัญ รัฐมนตรีกลาโหม โอ จิน-วู หนึ่งในผู้ใต้บัญชาที่ภักดีที่สุดของคิม อิล-ซ็อง วางแผนการยอมรับของคิม จ็อง-อิลโดยกองทัพว่าเป็นผู้นำคนต่อไปของเกาหลีเหนือ แม้เขาจะไม่ได้รับราชการทหารก็ตาม อีกหนึ่งผู้สมัครในตำแหน่งผู้นำที่เป็นไปได้ นายกรัฐมนตรีคิม อิล (ไม่ได้เป็นเครือญาติ) ถูกถอดจากตำแหน่งใน ค.ศ. 1976 ใน ค.ศ. 1992 คิม อิลซองแถลงต่อสาธารณะว่าบุตรชายเป็นผู้รับผิดชอบกิจการภายในทั้งหมดในสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชน

ใน ค.ศ. 1992 การถ่ายทอดทางวิทยุกล่าวถึงเขาว่าเป็น "บิดาอันเป็นที่รัก" แทน "ผู้นำอันเป็นที่รัก" วันเกิดครบรอบ 50 ปีของเขาในเดือนกุมภาพันธ์เป็นโอกาสฉลองใหญ่ที่มีคนเข้าร่วมจำนวนมาก ด้อยกว่าเพียงการเฉลิมฉลองครบรอบ 80 ปีของคิม อิล-ซ็องในวันที่ 15 เมษายน ปีเดียวกัน

ตามข้อมูลของผู้แปรพักตร์ ฮวาง จางยอบ ระบบรัฐบาลเกาหลีเหนือได้รวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางและเป็นเอกาธิปไตยมากขึ้นในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1980 และ 1990 ภายใต้คิม จ็อง-อิลกว่าที่เคยเป็นในสมัยบิดาของเขา ฮวางอธิบายตัวอย่างหนึ่งว่า แม้คิม อิล-ซ็องจะกำหนดให้รัฐมนตรีภักดีต่อเขา แต่เขายังมองหาคำแนะนำระหว่างการตัดสินใจ แต่คิม จ็อง-อิลต้องการการเชื่อฟังอย่างสมบูรณ์และความตกลงจากรัฐมนตรีและเจ้าหน้าที่พรรคโดยไม่ต้องการคำแนะนำหรือการประนีประนอม และเขามองความเห็นต่างเพียงเล็กน้อยใด ๆ จากความคิดของเขาว่าเป็นสัญญาณถึงความไม่ภักดี ตามข้อมูลของฮวาง คิม จ็อง-อิลกำหนดทุกเรื่องด้วยตัวเองแม้รายละเอียดเล็กน้อยของกิจการรัฐ เช่น ขนาดของบ้านสำหรับเลขาธิการพรรคและการส่งของขวัญไปให้ผู้ใต้บัญชาของเขา[24]

จนถึงคริสต์ทศวรรษ 1980 เกาหลีเหนือเริ่มประสบปัญหาเศรษฐกิจซบเซาร้ายแรง นโยบายจูเช (พึ่งพาตนเอง) ของคิม อิลซองตัดประเทศจากการค้าภายนอกเกือบทั้งหมด แม้แต่กับคู่ค้าแต่เดิม คือ สหภาพโซเวียตและจีน

เกาหลีใต้กล่าวโทษคิมว่าสั่งการเหตุระเบิดในย่างกุ้ง ประเทศพม่า ในวันที่ 9 ตุลาคม ค.ศ. 1983 ซึ่งคร่าชีวิตเจ้าหน้าที่เกาหลีใต้ที่ไปเยือน 17 คน รวมทั้งสมาชิกรัฐมนตรีสี่คน และอีกครั้งในวันที่ 29 พฤศจิกายน ค.ศ. 1987 ซึ่งคร่าชีวิตทุกคน (115 คน)บนโคเรียนแอร์ เที่ยวบินที่ 858[25] เจ้าหน้าที่เกาหลีเหนือ คิม ฮย็อน ฮุย สารภาพว่าวางระเบิดไว้ในหีบของ และว่า ปฏิบัติการถูกสั่งการโดยคิม จ็อง-อิลเป็นการส่วนตัว[26]

ใน ค.ศ. 1992 เสียงของคิม จ็อง-อิลได้รับการถ่ายทอดในเกาหลีเหนือเป็นครั้งแรกระหว่างการเดินขบวนทหารสำหรับการครบรอบปีที่ 60 ของกองทัพประชาชนเกาหลีที่จัตุรัสคิม อิล-ซ็อง ในกรุงเปียงยาง ซึ่งคิม อิล-ซ็องเข้าร่วมโดยมีคิม จ็อง-อิล ยืนข้าง หลังการสุนทรพจน์ของคิม อิล-ซ็อง และการตรวจขบวนนั้น บุตรชายของเขาขยับไปยังไมโครโฟนที่อัฒจันทร์โดยตอบการรายงานของผู้ตรวจการขบวนและกล่าวง่าย ๆ ว่า "ทหารผู้กล้าแห่งกองทัพประชาชนเกาหลีจงเจริญ!" จากนั้นทุกคนที่เป็นผู้ฟังนั้นปรบมือและผู้เข้าร่วมขบวนที่พื้นที่จัตุรัส (ซึ่งรวมทหารผ่านศึกและนายทหารของกองทัพประชาชนเกาหลี) ตะโกน "หมื่น ๆ ปี" รวมสามครั้ง